1602 m. Seiniai atiteko Vilniaus domininkonams, kurie 1610 m. pradėjo statyti renesansinę mūrinę bažnyčią. Trinavė bažnyčia turėjo išskirtą presbiteriją ir apsidę, frontonas buvo atgręžtas į vakarus. Į bažnyčią buvo patenkama iš vienuolyno pusės. 1632 m. Vilniaus vyskupas Jurgis Tiškevičius ją konsekravo šv. Mergelės Marijos, šv. Jurgio ir šv. Jackaus titulais. Be pagrindinio altoriaus buvo įrengti dar 11 bei mediniai, drožinėti choras ir sakykla. XVII a. 7 deš. prie pietinės bažnyčios sienos pristatyta koplyčia. 1760 m. Rožė Pliaterytė–Strutinskienė su dukra Jadvyga iniciavo bažnyčios perstatymą stipriai ją pakeisdama. Pagrindinė bažnyčios erdvė buvo prailginta pristačius dar 4 piliorius ir nugriovus apsidę, zakristiją ir chorą. Pagalbinės patalpos kartu su zakristija pristatytos prie vienuolyno ir sudarė ketvirtąjį korpusą. Pastatytas dabartinis pagrindinis fasadas su įėjimu ir dviem barokiniais bokštais. Išliko vėlyvojo renesanso viršutinis tarpsnis nuo vienuolyno pusės. Taip bažnyčios ir vienuolyno ansamblis įgijo ne tik renesanso, bet ir naujus baroko bruožus, priskirtinus Vilniaus baroko mokyklai. XIX a. pab. prie šiaurinės navos pristatyta dar viena koplyčia. Per II pasaulinį karą bažnyčia nenukentėjo, 1966-1974 m. restauruota. Seinų bažnyčioje palaidotas buvęs jos kunigas, rašytojas Antanas Baranauskas.

Bažnyčia kryžminio plano, asimetriška dėl skirtingų formų koplyčiomis, kurios suformavo tranceptą, tačiau ne tradiciškai prieš presbiteriją, o ties centrinės navos viduriu. Bazilikos tūris halinis, suskirstytas į tris vienodo aukščio navas. Bažnyčia sujungta su buvusiu Domininkonų vienuolyno pastatu, kuris išsiskiria kampiniais cilindrinės formos bastioniniais bokštais. Bažnyčios interjero išskirtinumas – presbiterija, užimanti visų trijų navų galus. Viduje vyrauja barokinė ir rokokinė puošyba, pagrindinis altorius ir aštuoni simetriškai išsidėstę suporinti altoriai sudaro vieningą kompoziciją. Vertingiausias bažnyčios meno kūrinys – gotikinė atidaroma Dievo motinos statula. Kitas išskirtinis bažnyčios turtas – Jono Garalevičiaus neobarokiniai vargonai.

Pagrindinis fasadas simetriškas, su dviem kampiniais, 47 m. aukščio, trijų tarpsnių bokštais. Bokštai dekoruoti dviejų arbą trijų briaunų toskaninio orderio piliastrais, pirmajame tarpsnyje jie iškelti ant aukšto cokolio. Antrajame ir trečiajame tarpsniuose tarp piliastrų įsiterpę pusapskričių arkų langai. Trumpiausiąjį trečiąjį tarpsnį puošia voliutos, laikrodžiai. Bokštai vainikuojami išraiškingais svogūniniais šalmais. Tarp antrojo tarpsnio bokštų įsiterpęs barokinių formų frontonas su langu, o virš jo – bažnyčios perstatytojų herbai. Virš piliastrais ir lenktu karnizu akcentuoto įėjimo esama rokokinio stiliaus stiuko lipdinių, vaizduojančių fundatorių Grudzinskio ir Justinos Rudzinskienės herbai. Virš jų popiežiaus simboliai: sukryžiuoti raktai ir tiara bei užrašas ,,BAZYLIKA MINOR ANNO DOMINI MCMLXXIII“ (Mažoji bazilika viešpaties metais 1973). 

Renata Kilinskaitė