Svarbiausiu Alšėnų istoriniu įvykiu, nulėmusiu jų tolesnį vystymąsį tapo gyvenvietės atitekimas Sapiegų giminei 1588 m. Jau XVII amžiaus pradžioje buvo pradėtos ne tik naujos didelės bažnyčiois, bet ir rezidencinės pilies statybos. Pastarąją pelnytai galima laikyti vienu iš svarbiausiu mūsų laikus pasiekusių tokio funkcinio tipo renesansinių objektų. 

Uždarą pilies kiemą supo du pagrindiniai bei dveji jungiamieji korpusai su keturiais bokštais išdėstytais statinio kampuose, pagrindiu bokštu ir koplyčia. Sekant tuometinėmis rezidencinių rūmų statybos tendencijomis pilies kompleksą taip pat sudarė ir suplanuoti bei modifikuoti naturalūs landšafto elementai.

Iš archyvinių šeštojo dešimtmečio fotografijų ir brėžinių matyti, kad rūmai labai sunyko ir per sovietinį periodą: galutinai suiro bokštai, patalpos liko be stogų, o kai kurių sienų pėdsakų nebeliko. Vis tik pilies nepriežiūra suteikia proga pažvelgti į daugelį atvirais likusių konstrukcinių elementų, kurie kituose panašiuose objektuose paslėpti po tinko sluoksniais.